16s,18s,ITs微生物多样性测序

产品简介

       扩增子测序,即对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序,主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序及ITS测序等。扩增子测序通常是选择某个或某几个变异区域,利用保守区设计通用引物进行PCR扩增,然后对高变区进行测序分析和菌种鉴定,具有所需样本量少、高通量和高精确性等特点。


数据分析策略

1.从测序所得的原始数据出发,首先对原始数据进行质控,得到有效数据(Clean Data);

2.基于有效数据进行OTUs(Operational Taxonomic Units)聚类;

3.根据OTUs聚类结果,一方面对每个OTU的代表序列做物种注释,得到对应的物种信息,另一方面将各个样品的有效数据,和代表序列进行比对,获得对应OTU在各个样品中的丰度分布情况;

4.基于构建好的OTU丰度表,获得不同分类层级的物种丰度表;

5.基于OTU丰度表及不同分类层级的丰度表,进行样品微生物群落组成分析;

6.基于OTU丰度表及不同分类层级的丰度表,进行Alpha多样性和Beta多样性分析;

7.根据研究需求,可选择高级分析,深入挖掘样品中的物种组成和差异。


数据分析内容

16s,18s,ITs微生物多样性测序

 


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       扩增子测序,即对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序,主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序及ITS测序等。扩增子测序通常是选择某个或某几个变异区域,利用保守区设计通用引物进行PCR扩增,然后对高变区进行测序分析和菌种鉴定,具有所需样本量少、高通量和高精确性等特点。


数据分析策略

1.从测序所得的原始数据出发,首先对原始数据进行质控,得到有效数据(Clean Data);

2.基于有效数据进行OTUs(Operational Taxonomic Units)聚类;

3.根据OTUs聚类结果,一方面对每个OTU的代表序列做物种注释,得到对应的物种信息,另一方面将各个样品的有效数据,和代表序列进行比对,获得对应OTU在各个样品中的丰度分布情况;

4.基于构建好的OTU丰度表,获得不同分类层级的物种丰度表;

5.基于OTU丰度表及不同分类层级的丰度表,进行样品微生物群落组成分析;

6.基于OTU丰度表及不同分类层级的丰度表,进行Alpha多样性和Beta多样性分析;

7.根据研究需求,可选择高级分析,深入挖掘样品中的物种组成和差异。


数据分析内容

16s,18s,ITs微生物多样性测序

 


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2019 - 03 - 21
全基因组测序分为:从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing)。       从头测序(de novo):不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接、组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究。基因组重测序: 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs)、拷贝数变异(CNV)、插入/缺失(Indel)等变异类型,以较低的价格将单个参考基因组信息扩增为生物群体的遗传特征。全基因组重测序在人类疾病和动植物育种研究中广泛应用。技术路线 生物信息分析
2019 - 03 - 21
SNP/单核苷酸多态性分析       SNP(Single Nucleotide Polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人类基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面)和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。 服务项目1. TaqMan探针法       针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PC...
2019 - 03 - 10
实验介绍        苏木精-伊红染色法 ( hematoxylin-eosin staining ) ,简称HE染色法 ,石蜡切片技术里常用的染色法之一 。苏木精染液为碱性 ,主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色 ;伊红为酸性染料 ,主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色 。HE染色法是组织学、胚胎学、病理学教学与科研中最基本、使用最广泛的技术方法。       细胞中的细胞核是由酸性物质组成,它与碱性染料(苏木素)的亲和力较强。而细胞浆则相反,它含有碱性物质,和酸性染料(伊红)的亲和力较大。因此细胞或组织切片经苏木素-伊红染色液染色后,细胞核被苏木素染成鲜明的蓝紫色,细胞浆、肌纤维、胶原纤维等呈不同程度的红色。如何处理组织样本?首先需要快速取材,然后尽快的放入适量的固定液中固定,固定液需根据不同组...
2019 - 03 - 09
细胞培养技术也叫细胞克隆技术,在生物学中的正规名词为细胞培养技术。不论对于整个生物工程技术,还是其中之一的生物克隆技术来说,细胞培养都是一个必不可少的过程,细胞培养本身就是细胞的大规模克隆。细胞培养,既包括微生物细胞的培养,细胞培养技术可以由一个细胞经过大量培养成为简单的单细胞或极少分化的多细胞,这是克隆技术必不可少的环节,而且细胞培养本身就是细胞的克隆。       细胞系因其具有无限传代增殖、体外培养、培养条件简单等原因,如今已被广泛的应用于各类疾病的研究中。        现在实验室之间的细胞系共享很普遍,污染了的细胞系被反复使用,和用错细胞系的实验研究经常发生,而这种情况很有可能在一些实验室持续数年或数十年。据统计国外实验室约20%细胞系被交叉污染或错误辨识,因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而...
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