在非靶向代谢组学研究过程当中样品的制备工作极为重要，正确的实验方法是制得专业样品的前提，也是代谢组学获得成功的开端。代谢组学的专业研究人士认为样品制备的基本设计问题也是代谢组学研究的入门问题，那么关于非靶向代谢组学样品制备有哪些要求呢？

1、控制好营养环境很重要

非靶向代谢组学对于体内研究这意味着密切关注进食、禁食和饮食组成，对于细胞培养研究来说，这意味着要特别注意培养基的选择和培养基更换的时机。非靶向代谢组学化学成分确定的培养基通常优于复杂的生物培养基，对于哺乳动物细胞培养来说，使用透析的胎牛血清可以避免由于血清代谢物造成的混杂因素。

2、获取代谢物

因为细胞和组织中许多重要的代谢产物会在几秒钟内自然转化，所以非靶向代谢组学称获得准确的代谢物分布需要几乎立即停止代谢活动。非靶向代谢组学科研工作者已经发表了多种提取和淬灭方案，典型的方法包括冷冻和/或酶变性，对于培养的细胞，一种简单的方法是在通过抽吸或快速过滤去除培养基后直接添加冷有机溶剂来停止代谢活动，低温会迅速减缓代谢，有机溶剂会使酶变性。非靶向代谢组学需要避免可能会改变新陈代谢的操作，例如在猝灭新陈代谢之前沉淀或洗涤细胞。对于组织标本，非靶向代谢组学实际的做法是先冷冻，后提取。

许多人关心非法向代谢组学样品制备的效率问题，实际上它可以通过很多的个性化方法，既让检测变得更有价值，又能够让采集工作变得更加游刃有余，比如可以通过各种现代化设备或者请专业团队的支援，或者利用已经成型的数据优势来进行制备。